Спасибо за ответ.
Проблема от части решилась. В коде скрипта вывода сообщений поставил на первое место запись флага, а потом вывод сообщения:

"if ((L1==1)&&(Virt1==0)) {WriteValue("Virt1",X); ShowMessageBox("Уход сукна","Сушка 1 привод 2 этаж",1); };".

Теперь сигнал включается с задержкой около 2 сек, что аналогично кнопке включения выхода на мнемосхеме без скрипта.